本校前身原為澎湖廳立馬公高等女子學(xué)校，創(chuàng)立於民國32年。本省光復(fù)後第2年改制為臺灣省立馬公中學(xué)，校址位於馬公市中興里。高初中男女生兼收，並增設(shè)二年制簡師班。37年簡師班改四年制師範(fàn)部。38年白沙、湖西、西嶼三所縣立初級中學(xué)合併於本校，一切漸趨規(guī)模。42年師範(fàn)部停招。47年建分部於朝陽里。56年將本部與分部合併，完成遷建。57年實施九年國教，初中部逐年結(jié)束，增設(shè)家政班一班，畢業(yè)後停招。59年改制為臺灣省立馬公高級中學(xué)。61年增設(shè)商業(yè)經(jīng)營科，兼具普通中學(xué)及職業(yè)學(xué)校性質(zhì)。68年附設(shè)高級商業(yè)進修補校，80年增設(shè)延長國教春季班（後易名實用技能班），80年增設(shè)觀光事業(yè)科，81年增設(shè)美術(shù)班，86年增設(shè)音樂班，88年增設(shè)資料處理科，至89年2月1日改名為國立馬公高級中學(xué)。89年8月成立綜合高中，91年8月成立體育班。全?，F(xiàn)有48班：普通科27班（含美術(shù)班3班、音樂班3班、體育班3班），觀光科3班，資料處理科3班，綜合高中12班、實用技能班3班，98學(xué)年度起逐年停招綜合高中，新增3班普通科及1班商業(yè)經(jīng)營科。全校教職員工148人，學(xué)生約1467人，校區(qū)面積5.618公頃。
　　本校自光復(fù)以來，經(jīng)歷任校長吳南、張振文、段世崑、鄭啟中、張開嶽、史麟生、高惠如、湯孝彬、鄭繼孟、王應(yīng)祥、白文卿、楊壽喬、許朝智、汪沱、薛國忠、陳進福等先生之主持，並賴地方人士多方協(xié)助，暨全體歷任教師不斷之努力，始具現(xiàn)有規(guī)模。92年2月林亨華先生奉調(diào)回母校服務(wù)，深知稟承傳統(tǒng)，開創(chuàng)未來之責(zé)無旁貸，提出「立足鄉(xiāng)土，放眼世界」，培育馬中學(xué)子為兼具鄉(xiāng)土情懷與國際視野之二十一世紀(jì)新公民為辦學(xué)主軸，並以全人教育、終身學(xué)習(xí)、溫馨校園為目標(biāo)立即著手規(guī)劃校園重建，於98年底竣工。
99年7月林校長榮退，8月薛東埠先生奉命接篆母校服務(wù)，深切體悟承先啟後之重任，接續(xù)校園人文藝術(shù)之耕耘，對母校邁向精緻卓越，有一份責(zé)無旁貸的使命感。爰以學(xué)生為主體，營造健康快樂、活力學(xué)習(xí)的優(yōu)質(zhì)環(huán)境，藉以提昇學(xué)校效能，達成「海洋馬高，精緻卓越」的學(xué)校願景，以「精進課業(yè)、品格為先」為主軸，開創(chuàng)多元學(xué)習(xí)、自主自律的學(xué)風(fēng)、培育學(xué)生能夠關(guān)懷本土、具國際視野，提出十項戮力指標(biāo)
（一）、秉持人本精神，推動全人教育，培養(yǎng)兼具人文素養(yǎng)與科學(xué)精神的健全民。
（二）、校務(wù)經(jīng)營領(lǐng)導(dǎo)：以權(quán)變領(lǐng)導(dǎo)來推動學(xué)校校務(wù)，因應(yīng)學(xué)校的需求與目標(biāo)，
協(xié)調(diào)同仁的互助與合作，創(chuàng)造學(xué)校的價值與效能。
（三）、校務(wù)經(jīng)營管理：走動式管理，著重實踐執(zhí)行力，營造人性化校園，建立
親師生都能適性發(fā)展，自信、快樂學(xué)習(xí)、成長和生活。
（四）、校務(wù)民主決策：校務(wù)運作溝通多元，凝聚共識，以提高學(xué)校的整體效能。
（五）、校園學(xué)習(xí)氛圍：關(guān)懷生命尊嚴(yán)，培養(yǎng)學(xué)生良好的個性與群性，學(xué)習(xí)與自
己、社會和大自然和諧相處。
（六）、推展終身學(xué)習(xí)：加強生涯發(fā)展，培養(yǎng)學(xué)生自我發(fā)現(xiàn)與自我肯定，建構(gòu)思想體系，規(guī)劃學(xué)習(xí)型人生，培養(yǎng)解決問題的能力。
（七）、學(xué)校社區(qū)經(jīng)營：創(chuàng)造學(xué)校與社區(qū)「大家庭式」的和諧之教育生命共同體。
（八）、學(xué)校課程經(jīng)營：兼顧多元文化，培養(yǎng)具鄉(xiāng)土情懷及國際視野的新好國民。
（九）、創(chuàng)建學(xué)習(xí)型學(xué)校：融合學(xué)習(xí)型組織理念，鼓勵親師生自我導(dǎo)向?qū)W習(xí)。
（十）、未來學(xué)校永續(xù)經(jīng)營：建立馬高優(yōu)質(zhì)卓越品牌，規(guī)劃校園人文藝術(shù)藍圖，掌握時代脈動融入多元化、科技化、國際化的現(xiàn)代教育。

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