本校創(chuàng)立於民國10年4月26日，原名為「萬丹農(nóng)業(yè)補習學?！?，由六山定英先生擔任校長。
　　民國17年由土肥淑人先生接任校長。
　　民國25年9月，改名為「萬丹農(nóng)業(yè)專修學校」。
　　民國26年石塜龍雄先生接任校長。
　　民國33年椎名德元先生接任校長。
　　民國34年春，日本人以本校為火藥庫，以致4月初為愛國志士所引爆，辦公室、教具等毀壞殆盡。
　　民國34年臺灣光復後，省政府派李允武先生掌校：12月19日改名為「屏東市立初級農(nóng)業(yè)學?！?。
　　民國35年夏季，李校長辭職，省府改派高冠宇先生繼任。
　　民國36年3月31日，本校奉準改制，命名為「屏東市立第三初級中學」。
　　民國38年8月，高校長他調(diào)，由陳伯尹先生接任。
　　民國39年10月，屏東改縣，本校亦改名為「屏東縣立萬丹初級中學」。 　　
　　民國50年9月本校奉選為「科學教育實驗中心」，展開科學研習活動，實施自然科分組實驗，出版科學教育簡訊，舉辦科學展覽等。
　　民國57年實施九年國民教育，本校於8月1日奉命改為「屏東縣立萬丹國民中學」，選為科學實驗國中之ㄧ，並核定為工藝示範學校。
　　58年8月23日，李善昌校長奉調(diào)「鳳山國民中學」，上級派謝德明接掌本校。謝校長繼續(xù)發(fā)展科學教育，推動全民體育，並經(jīng)教育部門核定為體育績優(yōu)學校。
　　民國70年省府派鹽埔國中校長胡敏基接掌本校。胡校長對於培養(yǎng)讀書風氣、加強生活教育，推行民族精神教育以及校舍修繕、校園美化、擴充校地，不遺餘力，績效顯著。
　　民國81年2月22日，溫文華校長接掌本校，繼續(xù)推動校務(wù)。自溫校長接掌以來，重建美輪美奐、壯觀雄偉的學生活動中心，整建400公尺田徑場，新建司令臺、器材室、水泥籃排球場數(shù)座，廣植林木，美化綠化校園，加強生活教育，績效卓著。
　　民國81年開始，本校開辦補校，嘉惠失學鄉(xiāng)民，也闢建標準黃土網(wǎng)球場一座。
　　民國83年設(shè)立夜間籃球場照明設(shè)備，提供鄉(xiāng)民及青少年朋友夜間運動場所，嘉惠學子。
　　民國85年底，行政大樓重建。87年4月，宏偉壯麗的行政大樓竣工。
　　民國87年2月1日，溫文華校長榮調(diào)中正國中，上級調(diào)派九如國中校長陳三慶接掌本校，以新穎、活潑、負責的辦學精神，持續(xù)推動校務(wù)。
　　92學年度榮獲教育部門九年一貫課程標竿學校。
　　民國93年8月1日陳三慶校長榮調(diào)東港國中，張振成校長接掌本校，繼續(xù)推動校務(wù)。
　　民國94年操場及教學區(qū)間的馬路，收歸校方所有，使學校成一個完整校區(qū)。
　　民國96年7月張振成校長核準退休，由林邊國中林燕煌校長兼代，認真辦學經(jīng)營優(yōu)良校風，九十六學年第二學期由教務(wù)主務(wù)徐啟裕先生代理校長推動校務(wù)。
　　民國96年8月成立體育班，民國97年8月成立美術(shù)班。
　　民國97年8月王家瑞校長自高泰國中調(diào)任，以多元、創(chuàng)新、卓越為辦學核心，推動全人的教育。
　　民國98年8月成立數(shù)理資優(yōu)班，民國98年8月美籍教師Debra蒞校服務(wù)。

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